Dans le cas d'une île, les seuls moyens de se rendre à San Miguel sont l'avion ou par bateau. L'aéroport International de Ponta Delgada (João Paulo II) est desservie par plusieurs liaisons quotidiennes avec le Portugal continental et assure des vols réguliers avec Boston et Toronto et les principaux aéroports européens. Sont toujours fournis plusieurs liaisons quotidiennes entre les îles.

Des liaisons régulières en bateau au quai des croisières de ports maritimes sont garantis uniquement à partir de mai à septembre avec connexion vers d'autres îles des Açores plusieurs fois par semaine.